小規模事業者持続化補助金 第20回から「賃上げ要件」が変更｜複雑になった要件と注意点を解説

「お店を改装して、もっとお客様に来てもらいたい」「広告を活用して、新しい販路を広げたい」

このような取組に活用できるのが、小規模事業者持続化補助金です。小規模事業者が取り組む販路開拓などにかかる費用の一部を支援します。

一般型・通常枠では、補助上限は最大250万円、補助率は原則2/3以内です。この最大250万円には、賃金引上げ特例とインボイス特例の両方を適用することが必要です。

このうち賃金引上げ特例は、一定の賃上げに取り組むことで補助上限が150万円上乗せされる制度です。第20回から賃上げの判定方法が変わり、給与を比較する期間や計算対象となる従業員など、申請前に確認したい点が増えました。

この記事では、第19回からの変更点とともに、比較期間、必要書類、判定シートの使い方、申請前の注意点を解説します。

小規模事業者持続化補助金の補助額・補助率

一般型・通常枠の通常の補助上限は50万円です。賃金引上げ特例で150万円、インボイス特例で50万円がそれぞれ上乗せされます。

つまり、この記事で扱う賃金引上げ特例は、最大250万円のうち、150万円の上乗せに関わる特例です。最大250万円とするには、両方の特例の要件を満たす必要があります。

なお、補助上限は必ず受け取れる金額ではありません。実際の補助額は、補助対象経費や補助率などによって決まります。

第20回の申請スケジュール

商工会議所地区の申請スケジュールは次のとおりです。

項目	日程
申請受付開始	2026年11月5日
申請締切	2026年12月15日17時
事業支援計画書（様式4）の発行受付締切	2026年12月4日

様式4の発行受付は、申請締切より早く締め切られます。管轄する商工会または商工会議所と確認しながら準備しましょう。

制度の対象者や使える経費などは、次のページでも紹介しています。

小規模事業者持続化補助金の制度詳細

賃上げ要件は第19回からどう変わった？

賃金引上げ特例では、第19回と第20回で、賃上げを判定する対象と方法が変わりました。

項目	第19回	第20回
判定する賃金	事業場内最低賃金	従業員1人あたり給与支給総額
賃上げ特例の要件	申請時より50円以上引き上げ	決められた2つの期間を比べて3.0％以上増加

事業場内最低賃金は、事業場で働く従業員のうち、最も低い時間当たりの賃金です。第19回は、この金額を申請時より50円以上引き上げることが必要でした。

第20回では、決められた2つの12か月について、従業員1人あたりの給与支給総額を比べます。最低賃金の低い従業員だけで判断するのではなく、計算対象となる従業員の給与が関係します。

なお、審査で加点を受ける「賃金引上げ加点」もあります。第20回は同じ方法で2.0％以上の増加が要件です。賃金引上げ特例を希望すると、この加点も自動的に選択されます。特例の3.0％と加点の2.0％を混同しないようにしましょう。

第20回の賃金引上げ特例はどう判定する？

比較するのは2つの12か月

第20回は、次の2つの期間について、それぞれの従業員1人あたり給与支給総額を比べます。

• 2026年4月～2027年3月の12か月
• 2027年4月～2028年3月の12か月

後の期間の1人あたり給与支給総額が、前の期間と比べて3.0％以上増加することが必要です。

例えば、正社員換算後の1人あたり給与支給総額が、前の期間は300万円、後の期間は309万円だった場合、増加率は3.0％です。これは対象となる従業員の給与総額と換算人数から求めた値の比較であり、一人ひとりの給与を一律3.0％上げるという意味ではありません。

計算の対象となる従業員

それぞれの12か月の全月分について給与の支給を受けた従業員を、その期間の計算対象とします。途中で採用・退職した場合、全月分の給与を受けていない期間は、その期間の計算対象から除きます。

2つの期間で対象となる従業員は、必ずしも同じ人である必要はありません。非常勤の従業員も対象になりますが、代表者・役員・専従者は含めません。

パートタイム従業員は、正社員の所定労働時間に換算して人数を計算します。産前・産後休業、育児休業、介護休業などに伴う時短勤務者の扱いは、要領の条件を確認してください。

給与に含まれるもの・含まれないもの

1人あたり給与支給総額は、対象となる給与支給総額を、正社員に換算した従業員の人数で割って求めます。基本給だけでなく、残業代や賞与なども含まれます。

主なもの	給与支給総額の扱い
給料・賃金、残業代、賞与など	含む
福利厚生目的の通勤手当・家族手当・住宅手当など	含めない
福利厚生費・法定福利費・退職金	含めない

給与は昇給だけでなく、残業時間などによっても変わります。申請時には、将来の給与額や従業員の状況を見込んで検討する必要があります。

賃金引上げ特例に必要な書類と提出時期

賃金引上げ特例を利用する場合、応募申請時、採択後、実績報告時で必要な手続きが異なります。

第19回は、申請時に原則として直近1か月分の賃金台帳と雇用条件が分かる書類が必要でした。歩合給の場合は別の扱いがあります。第20回は、これらの書類を採択後、交付決定までに提出します。

時期	賃金引上げ特例に関する主な手続き・書類
応募申請時	特例を選択し、誓約・同意を行います。この特例のための賃金台帳や雇用条件書類は提出しません
採択後、交付決定まで	採択発表月を終点とする連続12か月分の賃金台帳と、雇用条件が分かる書類などを提出します
実績報告時	事業実施期限を終点とする連続12か月分の賃金台帳と、賃上げ後の雇用条件が分かる書類などを提出します

採択後は、給与支給総額の基準値の算定、目標値の設定、従業員等への賃上げ計画の表明も必要です。雇用条件が分かる書類には、雇用契約書や労働条件通知書などがあります。

賃金台帳や雇用条件が分かる書類は、賃上げの計算対象に含まれない従業員も含め、役員・専従者を除く補助事業実施場所の全従業員分が必要です。

応募申請時に提出しないからといって、賃金台帳が不要になるわけではありません。採択後に準備できるよう、申請前から給与や雇用条件の記録を確認しておきましょう。他の特例や加点を利用する場合の書類も、それぞれ確認が必要です。

なお、採択後に提出する12か月分は、採択発表月を終点とします。賃上げ判定の前の期間と一致するとは限らないため、採択発表後の案内を確認してください。

賃上げ判定シートで事前に確認する

第20回には、賃金引上げ特例・加点の達成を確認するための判定シートが用意されています。

賃上げ前と賃上げ後の給与情報などを入力すると、特例や加点の要件を満たすか確認できるシートです。

申請時には、比較する2年間の給与実績がすべてそろっているわけではありません。まだ給与を支払っていない期間には予測値を入力し、要件を達成できそうか事前に確認します。

ただし、予測値を入力した段階で達成と表示されても、実際の給与や従業員の状況が変わることがあります。シートの結果は計画を検討する目安とし、実績報告まで見通して判断することが大切です。

判定シートと操作マニュアルは、商工会議所地区の第20回応募ページから確認できます。商工会地区の方は、担当地区の公式ページをご確認ください。

商工会議所地区 第20回応募ページ

商工会地区 公式案内

出典：小規模事業者持続化補助金＜一般型・通常枠＞第20回公募「賃金引上げ特例・加点達成判定シートマニュアル」9ページ。画面内の数値は架空の事業者による例です。

申請前に確認したい注意点

特例を選ぶと、実績報告までの期間が長くなる

賃金引上げ特例を選ぶ場合、補助事業の終了予定日は2028年3月31日に設定します。補助事業を早く終えた場合でも、それより前に実績報告はできません。

補助金は事業が終わればすぐに受け取れるわけではありません。設備購入などの支払いと補助金の受取時期を見通し、資金計画を立てましょう。

地域別最低賃金も確認する

比較する2つの期間では、事業場内最低賃金が、それぞれの地域別最低賃金以上であることも必要です。

要件を達成できない場合は補助金全体が交付されない

賃金引上げ特例を希望し、要件を満たせなかった場合は、150万円の上乗せ分だけでなく、補助金全体が交付対象外になります。

また、従業員の退職などにより、必要な賃上げ率を算定できなくなった場合も、補助金は交付されません。申請時点の見込みだけでなく、事業終了までの雇用や給与の状況も考慮して判断しましょう。

まとめ

第20回の賃金引上げ特例は、事業場内最低賃金の引上げから、従業員1人あたり給与支給総額を2つの12か月で比較する方法に変わりました。

補助上限が150万円上がる一方、対象となる従業員、給与に含まれるもの、必要な書類、実績報告までの期間を確認する必要があります。

特例を利用する場合は、判定シートで給与の見通しを試算し、賃金台帳や雇用条件の記録を確認したうえで、無理なく取り組める計画か検討しましょう。

※この記事は、2026年11月時点の小規模事業者持続化補助金＜一般型・通常枠＞第20回公募要領第９版などに基づいています。

商工会議所地区の公募要領

商工会地区の公式案内